Die Geschichte von Fri Art begann 1979 mit der Gründung des gleichnamigen Vereins durch den Künstler und Kurator Michel Ritter, zusammen mit einer Gruppe Passionierter der zeitgenössischen Kunst.

Zwei Jahre später liess die Veranstaltung Fri Art 81 die Mauern des ehemaligen Diözesanseminars erzittern und belebte gleichzeitig die zeitgenössische Kunstszene in der Zähringerstadt. Auf Anregung von Michel Ritter organisierte Fri Art diese multidisziplinäre Ausstellung im Rahmen der Feierlichkeiten zum 500. Jahrestag des Beitritts von Freiburg zur Eigenossenschaft.
Ausstellungen und verschiedene Performances brachten rund sechzig Schweizer und internationale Künstlerinnen und Künstler zusammen, darunter Roman Signer, Anna Winteler und Container TV. Es folgte Fri-Art made in Switzerland, eine Ausstellung an fünf verschiedenen Orten in New York, die mehr als 40 Schweizer Künstlerinnen und Künstler präsentierte, darunter Meret Oppenheim, John Armleder, Christian Marclay, Dieter Roth und Roman Signer.

1982 reichten Michel Ritter und der Verein bei den Behörden ein Projekt für ein permanentes Zentrum für zeitgenössische Kunst ein. Nach mehrjährigen Gesprächen und Auseinandersetzungen wurde am 10. November 1990, auch dank der Unterstützung vieler Kunstschaffenden – darunter Jean Tinguely – die Kunsthalle Fri Art in einer ehemaligen Kartonfabrik (1896-1935) und später einem Nachtquartier (1936-1990), eingerichtet. Das Gebäude wird bis heute von der Stadt Freiburg zur Verfügung gestellt.

Obwohl die Kunsthalle endlich an einen festen Ort umziehen konnte, war die finanzielle Situation nach wie vor unsicher, wie auch jene vieler anderer Kulturakteure in Freiburg. Der Zusammenschluss dieser Akteure von 1993 bis 1997 zum Verein Phare, bündelte die Energie dieser alternativen Orte, Theater, Konzertsäle, Kunsträume und Künstler, um auf die prekären Arbeitsbedingungen aufmerksam zu machen und die Politik aufzufordern, eine neue Kulturpolitik umzusetzen. Dieses soziale und kulturelle Engagement trug schliesslich zu einem neuen System regionaler Subventionen für die Kulturinstitutionen und -Akteure bei.

Zwölf Jahre lang (1990-2002) konzipierte und organisierte Michel Ritter, unterstützt von der Fotografin Eliane Laubscher, zahlreiche Ausstellungen, Performances und künstlerische Veranstaltungen im Fri Art. Die meisten der in dieser Zeit ausgestellten Künstlerinnen und Künstler gelten heute als geschichtsträchtig. Die gesamte Schweizer Kunstszene und ein informiertes Publikum trafen sich in Freiburg, um die ersten Einzelausstellungen von David Hammons, Dominique Gonzales-Foerster, Renée Green, Shirin Neshat, Thomas Hirschhorn, Christian Marclay, Jimmie Durham, Bernd & Hilla Becher, Julia Scher, Mark Dion, Valentin Carron, Steven Parrino, Wang Du und anderen zu entdecken. In Ausstellungen von und über Herzog und Meuron, Shigeru Ban, The Rural Studio oder den Freiburger Modernisten Jean Pythoud wurde auch die Architektur thematisiert.
Michel Ritter, legendärer Talentsucher, machte Fri Art zu einem "Labor", in dem Künstlerinnen und Künstler experimentieren, hinterfragen und ihre Forschungen konkretisieren konnten. Von Anfang an hat dieser Ort auch den lokalen Freiburger Kunstschaffenden ermöglicht, sich zu treffen und sich auszutauschen und so eine solide Plattform für die Entwicklung der lokalen  Kunstszene zu bieten. Das ambitionierte Programm der Kunsthalle hat deshalb eine Vermittlung zwischen der schweizerischen und internationalen Szene in ihren aktuellsten Entwicklungen und der Öffentlichkeit umgesetzt. 1995 wurde Michel Ritter vom Bundesamt für Kultur (BAK) mit dem Verdienstpreis für Kunstvermittlung ausgezeichnet, 2004 erhielt er den Frankfurter Kunstpreis und ein Jahr später den Meret Oppenheim Preis.

Im Oktober 2002 wurde Ritter zum Direktor des Centre Culturel Suisse in Paris ernannt, und Fri Art wählte als seine Nachfolgerin die Sarah Zürcher, Kunsthistorikerin und Kuratorin. Zürcher präsentierte ein Programm mit Werken von schweizerischen und internationalen Künstlern wie Armin Linke, Anselm Franke, Anne-Veronica Janssens, Carsten Nicolai, Thomas Schütte, Jane und Louise Wilson, Roman Ondàk, Zilla Leutenegger, Pierre Vadi, Frédéric Post, Isabelle Krieg, Nicolas Pages, Francis Baudevin oder Karim Noureldin. Die französische Kuratorin Corinne Charpentier übernahm 2007 die Leitung von Fri Art und organisierte monografische Ausstellungen von Amy O'Neill, Delphine Coindet, Peter Coffin, Stéphane Dafflon, Edith Dekyndt, Claudia Compte, João Maria Gusmão & Pedro Paiva sowie die erste Einzelausstellung von Latifa Echakhch in der Schweiz.

Im Jahr 2013 entschied die Vereinsleitung die Direktion der Kunsthalle neu zu strukturieren und ein zweiköpfiges Leitungsteam einzusetzen. Im Mai desselben Jahres wurde die künstlerische Leitung von Balthazar Lovay, die administrative Leitung im August von Julia Crottet übernommen.
Die Kunsthalle Fri Art setzt seitdem seine Rolle als Sprungbrett mit den ersten Soloausstellungen junger Schweizer und internationaler Künstlerinnen und Künstler wie Ramaya Tegegne, Cameron Rowland, Selina Grüter und Michèle Graf, Jason Loebs, Hanne Lippard oder Lauris Paulus fort, öffnet sich zudem vermehrt aber auch für historische oder retrospektive Ausstellungen (Film Implosion; Retrospektive geschlossener Ausstellungen; Kathe Burkhart, Peter Schuyff, Ferdinand Kriwet, Lucie Stahl).
Erstmals wird das Programm durch eine projektbegleitende Publikationstätigkeit ergänzt, mit Büchern zu The Anti Museum, Jason Loebs, Ramaya Tegegne, Peter Schuyff, Trix & Robert Haussmann oder Robert Heinecken. Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf der Organisation von Veranstaltungen, insbesondere von Performances und experimenteller Musik und von Vermittlungsprojekten.
Seit seiner Gründung setzt das ambitionierte Programm der Kunsthalle eine Vermittlung zwischen der schweizerischen und internationalen Szene in ihren neuesten Entwicklungen und der Öffentlichkeit praktisch um.

Die Kunsthalle engagiert sich auch ausserhalb ihrer Mauern für die Kunst- und Kulturszene, beispielsweise im Verein K, einem Netzwerk professioneller Kulturinstitutionen in Freiburg, dem Verein der Museen des Kantons Freiburg, dem Verein der Schweizer Kunsthallen und arbeitet regelmässig mit dem OFF-Space WallRiss, dem Internationale Filmfestival Freiburg, FIFF, der Nouvelle Opéra de Fribourg, NOF, mit Bad Bonn, dem Kulturamt des Kantons und der Stadt Freiburg zusammen.

In fast vierzig Jahren ihres Bestehens, von denen dreissig im Gebäude an den Petites-Rames, hat Fri Art rund 200 Künstlerinnen und Künstler und mehr als 300 Ausstellungen der Öffentlichkeit vorgestellt.